Eu acredito que tenho uma solução para você. Recentemente eu instalei o Kali Linux na minha máquina e notei um problema semelhante. A execução do seguinte sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
só buscará os repositórios no seu arquivo sources.list. Agora, no meu caso, os repositórios que tenho disponíveis estão desatualizados, portanto, eu tive que instalar os cabeçalhos do Linux manualmente baixando os pacotes usando o dpkg. Aqui está como eu realizei isso:
Se o seu sistema é 32 bits :
1) Wget os seguintes arquivos
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-headers-4.3.4-040304_4.3.4-040304.201601230132_all.deb
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-headers-4.3.4-040304-generic_4.3.4-040304.201601230132_i386.deb
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-image-4.3.4-040304-generic_4.3.4-040304.201601230132_i386.deb
2) Instale os seguintes pacotes emitindo:
sudo dpkg -i linux-headers-4.3.4*.deb linux-image-4.3.4*.deb
3) Reinicie seu sistema:
sudo reboot
Se o seu sistema é 64 bits :
1) Wget os seguintes arquivos
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-headers-4.3.4-040304_4.3.4-040304.201601230132_all.deb
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-headers-4.3.4-040304-generic_4.3.4-040304.201601230132_amd64.deb
wget kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.3.4-wily/linux-image-4.3.4-040304-generic_4.3.4-040304.201601230132_amd64.deb
2) Instale os seguintes pacotes emitindo:
sudo dpkg -i linux-headers-4.3.4*.deb linux-image-4.3.4*.deb
3) Reinicie seu sistema:
sudo reboot
Se você deseja desinstalar os arquivos de cabeçalho, faça o seguinte:
sudo apt-get remove 'linux-headers-4.3.4*' 'linux-image-4.3.4*'
Espero que isso tenha ajudado