Eu tive que usar chown -R user:group .* porque o wildcrd no bash não expande para os arquivos de ponto por padrão, a menos que o ponto seja explicitamente especificado.
Esse comportamento pode ser alterado com shopt -s dotglob , que define a opção de sempre incluir arquivos ocultos ao expandir os padrões de nome de arquivo (conhecidos como "globbing").