A resposta é definitivamente 1.
Digamos que você tenha algumas regras como esta:
iptables -A INPUT -i eth0 -p tcp --dport 80 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p tcp --dport 443 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p tcp --dport 8080 -j ACCEPT
Três vezes seguidas, você verificará se a interface de entrada é eth0 e se o protocolo L4 é TCP.
Com multiportas, você verifica apenas uma vez.