Acabei instalando algumas ferramentas adicionais do seLinux para ajudar a solucionar problemas :
yum install setroubleshoot setools
Em seguida, correu
sealert -a /var/log/audit/audit.log
A saída sugeriu as seguintes modificações:
ausearch -c 'lpr' --raw | audit2allow -M my-lpr
semodule -i my-lpr.pp
ausearch -c 'wkhtmltopdf-amd' --raw | audit2allow -M my-wkhtmltopdfamd
semodule -i my-wkhtmltopdfamd.pp
Emitiu esses comandos e agora posso imprimir a partir do meu aplicativo PHP novamente.