Isso não tem nada a ver com o fato de ser a última linha, mas com o fato de que esta subsituição
's/my_//'
altera apenas a primeira ocorrência em uma linha.
Altere para:
's/my_//g'
Eu também consideraria, começando a usar a função de impressão ( print()
) incluindo
from __future__ import print_function
na parte superior do seu script ou mais geral, mude para o uso do Python3 para esses tipos de scripts.