Tente ativar a composição de metacidades
ALT + F2 --- > gconf-editor apps --- > Metacity ---- > Geral (marque a caixa de composição)
espero que possa ajudar, também tente instalar o último pacote restrito para sua placa gráfica para reduzir o problema
EDITAR:
Certifique-se de que compiz está ativado, então execute ccsm e vá para Window Decoration (certifique-se de que ele está ativado também) e nas janelas Shadow digite any (se você quiser apenas sombras no painel mas não nas janelas, digite type = Dock). Se ainda não estiver funcionando, redefina todo o valor da decoração da janela, apenas certifique-se de que a janela Sombra = qualquer. Se ainda não estiver funcionando, vá para Regras da Janela e certifique-se de que ela não esteja ativada.
E se ainda não estiver funcionando, certifique-se de que o compiz está realmente ativado e no ccsm vá em Preferences e clique em Reset to defaults, que irá resetar todos os parâmetros do Compiz então se você tiver muitos parâmetros alfandegários você perderá todos deles e terá que fazê-los novamente, mas certamente resolverá o problema.