Ok, resolvi. Aparentemente, os aparelhos devem ser mascarados:
find /Users/Me/MyFolder -name '*filename.tsv' -print0 -exec bash -c '/usr/bin/java -jar -Xmx2G /Volumes/Macintosh\ HD/Applications/mMyApp/MyApp.jar -s "," -e "." "$1" > "$1-new.tsv"' {} \;
Além disso, o comando deve ser chamado usando bash -c 'command string'
(certifique-se de escapar aspas simples)