Eu encontrei o problema.
o Megasync para linux, também eu testei o megasync (amd64 - versão 2.9.10-25.1) em kali linux 2.0 2016.2 light e tenho o mesmo problema
Qual é o problema com o megasync? Faz com que a pasta froozen de interfaces do nautilus (em tempos aleatórios)
Desinstale o processo de megasync ou kill quando tiver um problema
sudo killall -9 megasync
Saudações!