Você poderia apenas exit
no local apropriado, por exemplo:
# search duplicated values
if [[ $A -eq $B ]] || [[ $A -eq $C ]];then
echo " Duplicated values please check "
exit
elif [[ $B -eq $A ]] || [[ $B -eq $C ]];then
echo " Duplicated values please check "
exit
elif [[ $C -eq $A ]] || [[ $C -eq $B ]];then
echo " Duplicated values please check "
exit
fi
Você também pode sair com um status de saída numérico, por exemplo: exit 2
. Veja também link e link