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Se for por causa do agendamento, tente executar seu aplicativo com uma política de agendamento diferente (política de "tempo real" com suporte para aplicativos especiais de tempo crítico):
sudo chrt prio ./your-app
No meu sistema, o prio é um número entre 1 e 99. E isso é uma recomendação: 2 - 49 Intervalo usado para as prioridades típicas de aplicativos. Este é um exemplo:
sudo chrt 49 ./your-app