Ok, entendi. A chave para o sucesso é especificar explicitamente o tamanho do papel.
Exemplo, o PDF original tem tamanho de página DIN A4 e, em seguida,
pdfjam --a4paper --scale 0.5 ---offset "-7cm 0cm" -- inputfiles
faz o truque. Não sei por que -x com x < 10 não funcionou antes.