Talvez.
A saída ldd contém os nomes das bibliotecas que o binário usará após pesquisando o caminho de pesquisa da biblioteca. Se você tiver alguma configuração que aponte para o diretório /tools (por exemplo, $LD_LIBRARY_PATH ou uma entrada ld.so.conf ), tente removê-la. Se ldd não apontar para o seu diretório /tools depois de ter feito isso, você deve estar bem.
Em caso afirmativo, seus binários provavelmente serão compilados com um RPATH conjunto. Um RPATH é um local codificado para uma biblioteca compartilhada que é armazenada no binário compilado. Pode ser útil em alguns casos extremos, mas na sua situação seria decididamente inútil. Se estiver definido, existe uma ferramenta chamada chrpath com a qual você pode alterá-lo ou removê-lo.