Entre essas perguntas e respostas, há muitas ideias erradas.
Um Sistema Operacional é um programa ou um conjunto de programas que gerencia recursos e aplicativos de hardware. Período.
Isso é o que o Linux faz.
Existem muitas pessoas que escreveram software que roda no Linux (que pode interagir com o hardware através do Linux). E grande parte desse software é de código aberto.
Na verdade, o Linux por si só não teria servido a nenhum propósito no começo sem que alguns aplicativos básicos interagissem com ele. Um shell e um conjunto de comandos básicos, como cp, mv, ls, etc, etc. Quando o Linux foi lançado, a fundação GNU Software já havia lançado alguns conjuntos de aplicativos POSIX-compillant que podiam ser executados em qualquer sistema compilável POSIX ( ou seja, Linux). Assim, o Linux tem sido (se não sempre) distribuído com este conjunto de ferramentas, e é por isso que alguns insistem em chamá-lo de GNU Linux.
As distribuições GNU / Linux são apenas coleções de software que rodam no Linux (incluindo os antigos aplicativos GNU) que acompanham o GNU / Linux. O Ubuntu é um deles.
Como a qualidade das distribuições é importante para as empresas, às vezes elas melhoram parte do software que distribuem e, às vezes, criam novos softwares especificamente desenvolvidos para suas distribuições.
A Canonical (a empresa responsável pelo Ubuntu) fez muitos aprimoramentos em aplicativos executados no GNU / Linux e também criou novos aplicativos que são executados neste sistema.
O melhor exemplo de uma aplicação que está sendo escrita pela Canonical é Unity, a nova interface gráfica do ubuntu principal.