rsync --ignore-existing --recursive /source_dir /destination_dir
é isso que você quer dizer?
Você pode copiar arquivos (usando o rsync idealmente, mas qualquer ferramenta de script considerada) do servidor A para o servidor B ignorando diretórios que já existem no destino e quaisquer arquivos que eles contenham?
Server A
FEED
--CUSTOMER1
----feed_12414.xml
--CUSTOMER2
----feed_6583.xml
--CUSTOMER3
----feed_97334.xml
Server B
FEED
--CUSTOMER1
----feed_new.xml
--CUSTOMER5
----feed_new.xml
O resultado deve ser:
Server B
FEED
--CUSTOMER1
----feed_new.xml
--CUSTOMER2
----feed_6583.xml
--CUSTOMER3
----feed_97334.xml
--CUSTOMER5
----feed_new.xml
rsync --ignore-existing --recursive /source_dir /destination_dir
é isso que você quer dizer?