Você precisa salvar as configurações no seu arquivo xorg.conf. Isso deve manter suas configurações quando você reiniciar etc.
Eu tenho um laptop Samsung R530. Na verdade, estou executando o Linux Mint, que é baseado no Ubuntu (e é por isso que achei que seria bom postar isso aqui). Agora estou conseguindo exatamente o mesmo problema no Ubuntu 10.10.
Configurei com um monitor LCD secundário e alterei as configurações de exibição para que a tela e o monitor do laptop estejam na resolução ideal, com a área de trabalho compartilhada entre eles. No entanto, após a inicialização (normalmente em torno de 10 a 30 segundos), a tela volta a ser 1024 x 768 nas duas telas, e a exibição é duplicada (ou seja, as duas telas mostram a mesma coisa).
Acho que isso tem algo a ver com a minha placa de vídeo, pois tive o mesmo problema quando estava executando o Arch Linux. Alguma idéia?
Editar:
00:00.0 Host bridge: Intel Corporation Mobile 4 Series Chipset Memory Controller Hub (rev 09)
00:02.0 VGA compatible controller: Intel Corporation Mobile 4 Series Chipset Integrated Graphics Controller (rev 09)
00:02.1 Display controller: Intel Corporation Mobile 4 Series Chipset Integrated Graphics Controller (rev 09)
00:1a.0 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #4 (rev 03)
00:1a.1 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #5 (rev 03)
00:1a.2 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #6 (rev 03)
00:1a.7 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB2 EHCI Controller #2 (rev 03)
00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) HD Audio Controller (rev 03)
00:1c.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) PCI Express Port 1 (rev 03)
00:1c.3 PCI bridge: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) PCI Express Port 4 (rev 03)
00:1d.0 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #1 (rev 03)
00:1d.1 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #2 (rev 03)
00:1d.2 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB UHCI Controller #3 (rev 03)
00:1d.7 USB Controller: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) USB2 EHCI Controller #1 (rev 03)
00:1e.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801 Mobile PCI Bridge (rev 93)
00:1f.0 ISA bridge: Intel Corporation ICH9M LPC Interface Controller (rev 03)
00:1f.2 SATA controller: Intel Corporation ICH9M/M-E SATA AHCI Controller (rev 03)
00:1f.3 SMBus: Intel Corporation 82801I (ICH9 Family) SMBus Controller (rev 03)
02:00.0 Network controller: Atheros Communications Inc. AR9285 Wireless Network Adapter (PCI-Express) (rev 01)
04:00.0 Ethernet controller: Marvell Technology Group Ltd. 88E8040 PCI-E Fast Ethernet Controller
Parece que é a Intel, não a Nvidia.
Eu tenho um trabalho atual, que é ter um lançador para um script contendo
xrandr --output LVDS1 --mode 1366x768 --output HDMI1 --mode 1280x1024 --left-of LVDS1
na minha área de trabalho e para executá-lo depois que os monitores forem revertidos, mas não é o ideal.
Você precisa salvar as configurações no seu arquivo xorg.conf. Isso deve manter suas configurações quando você reiniciar etc.