Outra solução seria um link simbólico de /etc/cron.d/ (ou / var / spool / cron /) para um arquivo no qual ele tenha acesso via servidor ftp.
MAS: Você sabe que, dando-lhe acesso ao cron, ele pode executar TODOS os comandos - no caso de /etc/cron.d/, como você está fazendo agora, mesmo como root?