Uma maneira de o phpmyadmin ser configurado com o apache é através de uma diretiva apache alias , se você comentar essa diretiva - deve desativar o phpmyadmin.
Para encontrar o alias, você pode usar o phpmyadmin no diretório de configuração do apaches, ou seja,
grep -inR "phpmyadmin" /apache/config/directory
para mim que deu o resultado
...
./conf-available/phpmyadmin.conf|3| Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
...
De lá você pode simplesmente abrir o arquivo e comentar a linha.
então você quer pegar essa linha
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
e faça com que pareça com isso
# Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
Isso deve impedir que o apache responda a solicitações de phpmyadmin. (assumindo sua configuração como um alias em primeiro lugar)