Se você não está preocupado em perder qualquer / todos os arquivos de qualquer uma das partições, você pode configurar um ambiente exclusivamente do Ubuntu com extrema facilidade: basta baixar o Ubuntu ISO ( aqui ), e selecione" Apagar tudo e instalar "quando solicitado.
Se você quiser manter tudo na sua partição Ubuntu, isso não é muito difícil SE sua partição Ubuntu é configurada com o LVM. Se assim for, você pode fazer isso a partir do Ubuntu Live Disk (selecione "Try Ubuntu" ao inicializar a partir do CD de instalação do Ubuntu) e iniciar o GParted. Você pode então deletar sua partição do Windows e então redimensionar sua partição Ubuntu para consumir seu espaço.
Quanto aos problemas que você mencionou com os pacotes não sendo atualizados corretamente, tudo o que realmente posso recomendar é que o Google forneça qualquer erro que você tenha cometido.