O comando pacman -Si sagemath
lista todas as dependências opcionais para o Sagemath disponível através do pacman (veja o artigo wiki do archlinux , obrigado Lahwaacz!).
$ pacman -Si sagemath
...
Optional Deps :
...
nauty: for generating some classes of graphs
...
Portanto, tudo o que é necessário é instalar o nauty: sudo pacman -Syu nauty
, e você pode executá-lo no conteúdo do seu coração (exemplos here ).