Acabei consertando isso agora.
Tentei temporariamente renomear meu diretório ~/.config
para que ele não fosse encontrado. E isso pareceu consertar isso. Eu então escolhi alguns dos subdiretórios de configuração que eu queria manter, copiei esses arquivos para o recém-criado diretório .config, e me certifiquei que tudo ainda estava funcionando corretamente
Eu perdi algumas configurações úteis, mas pelo menos agora o que quer que estivesse bagunçando meu layout de teclado sumiu.