Talvez seja necessário alterar os aplicativos "específicos da área de trabalho" (por exemplo, Nautilus para Gnome, Dolphin para KDE, ...) por meio dos aplicativos de controle específicos da área de trabalho.
Então, para o Gnome, use gnome-control-center
e para o KDE systemsettings
e defina os aplicativos padrão.