Isso ocorre porque são repositórios separados e metadados separados.
Você pode tentar limpar todos os metadados usando yum clean all --enablerepo="*"
e tentar novamente. Mas se o erro com o espelho persistir, você precisará usar um espelho diferente ou entrar em contato com o proprietário do espelho para que ele possa dar uma olhada. Parece que a última sincronização foi parcial ou não foi bem sucedida.