Se, como sua resposta diz, a carga útil estiver em uma única linha, isso fará com que, ao criar backups dos arquivos alterados:
find -name header.php -exec sed -i.bak '/someplacedodgy\.kr\/js\/jquery.min.php/d' {} \; -ls
Apenas certifique-se de que a string "someplacedodgy" seja exclusiva das linhas de carga útil.
Omita o .bak de -i.bak se você quiser pular os backups.