Você pode usar um sistema de arquivos criptografado. Brincando com a criptografia da configuração, e fazer com que os usuários (todos eles!) Da dita configuração tenham a chave e a usem, é uma tarefa assustadora ... e root pode contornar isso facilmente. Também tem que interceptar e medicar todas as atualizações para o sistema ...
Fazer isso é uma indicação clara de que você deseja ocultar algo ... e que pode levar você à água quente.
Proteja melhor a máquina contra acesso não autorizado e fique de olho nela.