Ao encontrar a solução, pensei em excluir essa questão, mas considerei deixá-la aqui, caso outra pessoa passe pela mesma situação.
O que aconteceu naquele dia foi que eu tinha aberto o menu Nautilus (File Explorer) e navegado para Edit -> Preferences -> Views -> Show hidden and backup files
. Depois que a sessão de compartilhamento de área de trabalho remota terminou, meu colega (que era novo no Linux) abriu o Nautilus e viu muitos arquivos extras (os arquivos ocultos que agora estavam visíveis).
Não sabendo de onde esses arquivos vieram (e não querendo excluí-los, caso fossem importantes), meu colega moveu todos esses arquivos ocultos para uma pasta separada, desligou o sistema e foi para casa no final de semana.
Voltando na manhã de segunda-feira, meu colega havia esquecido os arquivos que foram movidos e fiquei intrigado sobre por que todas as configurações de perfil desapareceram de repente e achei que aconteceu porque eu tinha colocado alguns aliases em ~/.bashrc
.
Posteriormente, localizei esses arquivos e tivemos uma boa risada sobre isso.