Isso depende do tipo de arquivo que você deseja enviar.
Se eles são bancos de dados ou dumps não compactados, o scp é mais eficiente, se eles são compactados, o FTP é mais eficiente, o scp é mais seguro.
Muitas vezes, na minha rede interna, eu uso o comando e faço o tar no topo do netcat.
Se o conteúdo é incremental e sempre os mesmos arquivos e não mudam muito ao longo do tempo, uma boa idéia é fazer um rsync em cima do ssh.