O GPT pode ter quantas partições desejar *. Portanto, você pode ter todos eles. Na maior parte do tempo, quando participo meu disco, eu configuro /home em uma partição separada para meus dados (música, imagens, etc). Isso tem a vantagem de poder reinstalar meu sistema sem perder dados.
Portanto, já temos 3 partições: swap (o dobro da memória RAM), / (eu dou 1/2 espaço em disco que tenho), e /home (outra metade). Você também pode separar /var para programas, ou /boot , mas eles não são realmente necessários - você vai se sair bem com esses 3.
Quanto aos sistemas de arquivos, aqui está o que eu faço:
swap : swap
/ , /home : ext4
/boot : ext2
Eu basicamente pego esses 3 (+ eu tenho /boot ), configuro swap e boot, então dividi o resto pela metade, aproximadamente. Deve funcionar para você também.
* Given you don't want insanely many partitions.