Você pode esperar que o desempenho do disco seja um pouco menor (o salto através do NTFS não é exatamente ideal), e você ainda está um pouco à mercê do Windows. Se a sua instalação do Windows for em formato de pêra, você também poderá perder o acesso à sua instalação do Wubi. A dependência do NTFS também me causaria azia em geral, mas isso por si só provavelmente não será um sério problema de confiabilidade.
Além disso, não consigo pensar em nada que deva ser diferente. Se você encontrar um problema, relate um bug! :)
Há uma outra captura anotada na FAQ do Wubi , além de desempenho / confiabilidade: a hibernação não é suportada.
(Vou anotar para o registro, no entanto, que mesmo com instalações nativas, eu raramente tive suporte a suspensão ou hibernação confiável em qualquer distribuição Linux, incluindo o Ubuntu.)