Você tentou apenas pressionar Escape ?
Parece bobo, mas eu costumava ter algo assim acontecer comigo. O Gnome seria carregado e um prompt de desbloqueio de chaveiro seria exibido. Se eu entrei em um minuto, tudo bem. Se eu demorasse demais, o sistema focaria em outra coisa (que eu não enxergava) e o mouse ou o teclado não me deixariam voltar para desbloqueá-lo.
Um dia, esmaguei o teclado em frustração, acionei Escape por acidente e a caixa de chaveiro foi recarregada, permitindo que eu digite sua senha.
Desde então, descobri que o motivo do login é devido a network-manager
. Eu mudei todas as minhas conexões para que "Disponível para todos os usuários" esteja marcado e agora eu não recebo nenhum popup irritante. Soube que remover a senha do chaveiro é outra solução, mas é menos segura.