Eu consegui recriar o segfaulting executando o df em uma instalação normal do Ubuntu com o X desativado.
...
(Dwarf_Fortress:5346): Gdk-CRITICAL **: gdk_window_new: assertion 'GDK_IS_WINDOW (parent)' failed
Segmentation fault
Eu suspeito que o problema é que este jogo espera ter um driver GL funcional disponível. E para isso você precisa do X correndo. Mas um VPS não tem X!
Em vez disso, use Xvfb, que é um "falso" virtual X. Você precisará instalar o xvfb e quaisquer dependências que desejar (provavelmente xorg-server-core e um monte de outras coisas que podem não estar instaladas no Ubuntu Server ).
Inicie o xserver falso assim:
$ Xvfb :1 -screen 0 1024x768x16 &
Em seguida, verifique se sua variável DISPLAY está apontada para ela:
$ export DISPLAY=:1
$ ./df
Eu também precisava desabilitar o som e rodar no modo TEXT, mas funcionava assim, sem o X rodando. Espero que funcione para você.