A criptografia da sua pasta pessoal permitirá que seus dados sejam protegidos pela senha da conta.
Se você estiver logado em sua conta, você não será solicitado a inserir a senha, mas, se você quiser acessar os arquivos enquanto estiver desconectado (com outro nome de usuário, por exemplo), você será solicitado.
Na minha opinião, acho que é melhor tê-lo, com uma senha strong, para evitar o vazamento de dados de pessoas que tiram seu HDD e tentam ler dados nele.
Cuidado ao criptografar a pasta base quando você acessar os arquivos nela, o tempo de leitura será um pouco maior do que tê-la descriptografada