Eu tenho um vídeo no formato mkv que mostra dois vídeos separados idênticos juntos, e não um sobre o outro em vlc. No windows, eu posso tocá-lo ajustando o modo deep, 3d (ciano vermelho, com TV 3D e seus óculos para hdmi), etc. Bino não funciona de todo. Eu só posso selecionar rec ciano e ele cai em tela cheia. Eu estou usando o Ubuntu 11.10 com suporte total a 3D.
Provavelmente o seu arquivo MKV usa a codificação MVC , que é um modo especial de H264. A partir de 2016, não existe uma solução Linux pura para a plataforma amd64 / x86 (o artigo da wikipedia lista o software para Windows / Wine). Se você possui um RaspberryPi, você pode usar o omxplayer , que é capaz de decodificar o MVC.
Normalmente, um vídeo anaglyph (3D via óculos vermelho / azul) precisa ser um único arquivo contendo os dois filtros de cor. Você poderia usar um editor de vídeo (há muitos editores de vídeo de código aberto disponíveis para Linux) para combinar seus dois arquivos de vídeo e exportar para um único arquivo de vídeo anáglifo.