A documentação do Ubuntu provavelmente pode ajudá-lo a maior parte do caminho.
1. Usando o terminal
Este é um problema muito aberto. Tutoriais como UsingTheTerminal lhe dirão algumas noções básicas, mas eu realmente não tenho certeza do quanto você acha que precisa saber.
Comece por aí. Se você tiver mais problemas, tente o Google, a pesquisa neste site e, se isso não for feito, publique uma nova pergunta explicando o que você está tentando fazer.
2. Hospedando um site
Se você está hospedando apenas arquivos html simples (sem linguagens dinâmicas), o documento mais fácil de ler é o guia do servidor para o Apache (um servidor web).
Se você quer MySQL e PHP também, a página LAMP pode ser melhor. Ele ainda usa o Apache, portanto, não tenha medo de ler os dois, pois você entenderá melhor o Apache no guia do servidor.
Nenhuma delas explica a rede subjacente que você precisará fazer também:
- Encaminhamento de porta no roteador para permitir que as pessoas acessem a porta 80 do seu computador a partir da Internet.
- O DNS (por exemplo, DynDNS) para que você possa vincular um nome de domínio a um IP dinâmico que seu ISP fornece.
Se você está hospedando coisas em uma rede local, pode ignorar esses itens.
3. Virtualizado é bom o suficiente?
Os desktops não são criados para serem executados o tempo todo? Falando como alguém cuja área de trabalho está em uso constante quase o suficiente por dois anos (para atualizações, religação, etc.), posso dizer, desde que seja uma boa área de trabalho, que seja um servidor perfeitamente funcional.
Você está certo, em essência. O hardware de nível de servidor é construído com termos de serviço longos em mente, mas o hardware de consumo moderno é (e tem sido nos últimos 5 a 10 anos) muito aceitável. Eu digo isso com o viés de alguém que tende a comprar componentes premium ... Eu não tenho certeza de como é o hardware do orçamento hoje em dia.
O que é o host da VM? Se também é o Ubuntu, por que não instalar o Apache e renunciar à virtualização?
Os sistemas virtualizados são mais lentos. Eles pegam um pedaço de sobrecarga também (não muito no caso do Ubuntu Server, mas ainda 100 megabytes de ram que você pode não ter reposição). No entanto, servir arquivos estáticos do Apache é uma tarefa trivial. Ele usa uma quantidade pateticamente pequena de tempo de CPU, portanto, o desempenho realmente não deve ser um problema.