Bem. Isso varia ...
Antes de mais nada, em * IX, todos os sistemas de arquivos geralmente possuem um espaço reservado, acessível somente ao root; hoje em dia é 5% do tamanho do sistema de arquivos (por padrão), mas pode ser maior ou menor. Se você está executando como superusuário, então não há reserva.
Então, qualquer que seja o tamanho do seu sistema de arquivos, você pode usar até (100 - espaço reservado).
Não há resposta fixa para sua pergunta: depende de como você usa o sistema de arquivos. Para uso normal (ou seja, um desktop / laptop com e-mail, navegador, música, vídeos), uma aposta segura provável é em torno de 60-80%. Se o conteúdo do disco for volátil - significando muitas alterações, arquivos grandes sendo criados / excluídos, etc - então você pode esperar degradação à medida que o sistema de arquivos é preenchido. Agora ... de antigamente, uma boa aposta inicial era "estar preocupado se estiver 80% cheio"; mas com a safra atual de drives extremamente grandes, ele não faz muito sentido - 20% de espaço livre fora de 1T ainda é de 200G! - e esta é uma das razões pelas quais o espaço reservado é agora de apenas ~ 5%.
Mas ... regra geral para uso genérico ... eu diria tops em 70%, então comece a considerar um upgrade / drive adicional; -)
Se, OTOH, você está apenas adicionando arquivos um após o outro, nunca (re) movendo-os, então você pode usar com segurança todo o espaço disponível sem impacto.
E sim, pode haver fragmentação, o que pode causar degradação nos tempos de leitura / gravação.