Eu estou respondendo isso por ser completo, mesmo que você já tenha feito um trabalho do Upstart (e esse é o caminho a seguir, não estou sugerindo que você volte aqui) ....
Acho que a principal coisa que você perdeu na primeira vez foi o runlevel. Eu estou supondo que você está acostumado com RPM distro onde é tipicamente runlevel 3 para multiusuário e runlevel 5 para GUI?
No Debian e no Ubuntu, existe apenas um único usuário (1) e multiusuário (com GUI, se instalado). E o multiusuário é runlevel 2. Então seus links simbólicos falharam porque você nunca chegou à RL3.
Usar o comando update-rc.d
facilita o gerenciamento dos links simbólicos.
De qualquer forma, estou escrevendo isso para qualquer outra pessoa que você possa realmente precisar. Embora eu sugira que eles convertam o script para um Upstart também!