Use >> em vez de > :
command >> ~/Desktop/file.txt
Enquanto você estava usando command > ~/Desktop/file.txt , o arquivo ~/Desktop/file.txt foi aberto pelo shell para escrever o conteúdo de STDOUT (descritor de arquivo 1). Portanto, o conteúdo do arquivo será sobrescrito toda vez que você executar o command .
Por outro lado, o shell abrirá o arquivo para acrescentar se você usar o operador >> . Como resultado, as saídas do command serão adicionadas toda vez que você executá-lo.
Eu sugiro que você passe por este manual sobre redirecionamentos de bash .