Não.
Isso é um problema conhecido com o Nautilus, não apenas acontecendo no Ubuntu, mas qualquer distribuição usando-o.
A melhor maneira de procurar arquivos / pastas ocultos em seu computador será através de um terminal, por exemplo:
find / -name "Kung Fu Panda"
Portanto, find
em /
de qualquer arquivo / pasta com -name
é igual a Kung Fu Panda
.