O desktop do Ubuntu é na verdade compiz e o próprio Unity é apenas um plugin compiz.
Se você, em vez disso, definir e ativar o plug-in compiz "commands" e definir atalhos de teclado usando ccsm onde houver um conflito, o ccsm deverá alertá-lo sobre qual plug-in está causando o conflito e também fornecer opções para desativar o plug-in conflitante ou atalhos de teclado conflitantes antes de aplicar suas configurações.
Pessoalmente, também tive dificuldade em definir atalhos de teclado no 14.04+, mas desde que decidi começar a usar o plug-in CCSM em vez das configurações de atalho do teclado no Unity, não tive nenhum problema e todos os meus atalhos funcionam bem e tão strongmente sugerir que você, pelo menos, confira como uma opção.