Não há nada errado com o seu sistema: sudo apt-get update atualizará apenas a lista de pacotes.
Para realmente atualizar os pacotes, você deve digitar: sudo apt-get upgrade depois!
editar:
Deixe-me acrescentar que sudo apt-get upgrade terminará com Reading state information... Done
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded se você já tiver instalado todas as atualizações mais recentes. Quando você já instalou todas as atualizações para o seu sistema, sudo apt-get upgrade irá não reinstalar o material. Se você receber uma mensagem nos termos de x packages have been kept back , deverá executar sudo apt-get dist-upgrade .