Com exceção das tarefas administrativas, nunca é uma boa ideia executar algo como root. Se o seu IDE não pode gravar onde você precisa, o caminho a percorrer é provavelmente para corrigir permissões nessa pasta ou subárvore.
Por exemplo. se a pasta de destino for gravável para um determinado grupo, a maneira mais fácil seria adicionar o usuário diário a esse grupo. Talvez você precise definir primeiro as permissões de gravação do grupo. Mas isso pode ser inseguro por outras razões. As configurações de permissão a serem usadas dependem muito do seu ambiente, por isso, é difícil dar-lhe algum conselho com as informações que temos.
Além disso, se você quiser que alguém lhe dê uma ajuda com o ícone da área de trabalho, explique um pouco sobre o seu sistema (Gnome, KDE, XFCE ...?).