O Ubuntu costumava herdar muitos dos seus aplicativos padrão do Gnome, que era o desktop padrão.
Isso nos deu o Nautilus, o gerenciador de arquivos, o editor de texto gedit, o gnome-terminmal, o Totem, o player de filmes, e muitos outros aplicativos padrão. Anteriormente, também nos deu, por ex. o cliente de e-mail Evolution e Epiphany para navegação na web.
O Ubuntu também herda do Debian, e isso nos dá padrões como o navegador Firefox (Iceweasel no Debian).
Outros aplicativos foram simplesmente selecionados por serem "os melhores da marca" e contribuíram para a melhor experiência de desktop, como o Brasero para criar CDs e o Banshee para reproduzir música (exceto que o Banshee não é mais padrão AFAIK, o Rhythmbox está de volta). Eu não acho que "best of brand" seja DEslected, eu acho que o aplicativo padrão para uma ação deve ser um dos melhores disponíveis para esse propósito, e deve se encaixar perfeitamente na experiência desktop.
Eu suspeito que a última razão é por que o VLC sem dúvida melhor não é o player de vídeo padrão - não é tão integrado no Gnome e Unity e arrasta mais dependências.