A maneira mais fácil é descompactá-los. Se você desmarcar a opção "preservar caminhos" (pode ter um nome diferente na ferramenta zip), a estrutura da pasta será ignorada durante o processo de descompactação e tudo será colocado em uma pasta.
Para descompacte essa seria a opção -j
para caminhos lixo :
unzip -j archive.zip
Editar: preciso compartilhar o crédito pela resposta correta com o Takkat. O primeiro parágrafo foi a minha resposta, mas as duas linhas seguintes foram da Takkat.