Você precisa entender a diferença entre o software (incluindo todo o sistema operacional) e o hardware. O evento infeliz que você sofreu é inteiramente no software (Windows). Não é o seu "computador" que foi atacado, apenas o sistema operacional instalado (Windows).
Vírus são softwares que podem afetar drasticamente o SO que foram projetados para atacar. Rodar o Ubuntu em uma sessão ao vivo significa executar um sistema operacional totalmente diferente, que não tem nada a ver com e que não pode ser afetado por nenhum outro sistema operacional já instalado.
No entanto, se você não instalou o Ubuntu (ou reinstalou o Windows), não resolveu nada.