Se você instalou o tomcat no Centro de Software (ou via linha de comando do apt-get), ele deve estar rodando a partir do diretório de instalação padrão do ubuntu. Começar e parar o Tomcat deve ser tão fácil quanto
/etc/init.d/tomcat5.5 start
/etc/init.d/tomcat5.5 stop
Talvez o 5.5 precise ser substituído pela versão que você está usando.
Se você acabou de baixar o tomcat e está executando a partir do diretório descompactado personalizado, os scripts de inicialização e desligamento fornecidos pelo Apache devem funcionar. Supondo que seu tomcat esteja em $ TOMCAT_HOME:
$TOMCAT_HOME/bin/startup.sh
$TOMCAT_HOME/bin/shutdown.sh
Se tudo falhar, você sempre pode matar manualmente todos os processos Java
killall java
ou, se algo estiver realmente preso
killall -9 java
Esses últimos matarão TODOS os processos Java em execução no momento.