O menu Run / Debug > Console está correto. Mas você tem que usar os botões "Cor de texto de padrão / erro padrão". (Você pode selecionar cores diferentes para saída padrão e para erro padrão). Aqui:
VejatambémadocumentaçãodoEclipse:
Estou executando o eclipse no Ubuntu 12.04 e gostaria de alterar a cor de saída do console. Tentei editá-lo usando Preferências > Executar / Depurar > Console > Cor de segundo plano, mas não funciona. Existe alguma outra maneira de mudar?
O menu Run / Debug > Console está correto. Mas você tem que usar os botões "Cor de texto de padrão / erro padrão". (Você pode selecionar cores diferentes para saída padrão e para erro padrão). Aqui:
VejatambémadocumentaçãodoEclipse: