Você pode experimentar o GNU Gnash. É tão bom quanto os plugins do navegador e também como um aplicativo independente.
Como a descrição diz
GNU Gnash é um tocador de SWF GPL gratuito. Ele é executado como um aplicativo independente na área de trabalho ou dispositivos incorporados, ou pode ser usado como um plugin para vários navegadores populares. Suporta reproduzir mídia de um disco ou streaming através de uma conexão de rede.
Para instalá-lo: faça sudo apt-get install gnash
em um terminal.
Para instalar pelo Software-Center clique neste link