Se você executar apt-get install libfoo , ele será marcado como instalado manualmente. Isso significa que não será removido pelo autoremove.
E, até onde eu sei, a execução de apt-get install libfoo não atualizará libfoo . Ele já está instalado como uma dependência de bar e será automaticamente a versão mais atualizada que pode ser (embora ainda seja compatível com bar ).
Se houver uma versão mais recente de libfoo que não seja compatível com a dependência de bar (os pacotes podem indicar qual versão de um pacote eles precisam, incluindo "mais recente que x" ou "mais antigo que x"), libfoo será retido.