Confira o link , com uma solução alternativa no comentário # 9. Em particular:
O método pkexec usa para conceder raiz (ou seja, o usuário executa seu argumento como) o acesso ao display X do usuário real não funciona sob Wayland, mas ainda usando X (ou seja, usando Xwayland). Xwayland (pelo menos como iniciado por mutter / gnome-shell) é iniciado sem o "-auth" e, portanto, apenas concede acesso ao usuário real (adotando Modelo de segurança de Wayland). Portanto, não há arquivo Xauthority para conceder acesso a outros usuários. o A solução alternativa é permitir explicitamente que o root acesse a exibição X do usuário usando
$ xhost + si: localuser: root
Eu só tentei isso na minha instalação do Artful e synaptic finalmente correu com sucesso. Gparted lutou um pouco, mas também correu com sucesso na segunda tentativa.
A solução acima funciona em uma base por sessão. O comentário # 13 nesse tópico mostra como fazer isso sempre que você faz login.