Existem vários analisadores de espaço em disco nos repositórios do Ubuntu. Tente vários para ver qual você prefere. Se você usa o Unity ou o GNOME, você provavelmente desejará o Baobab, ou os outros, se usar o KDE, porque os atalhos dos programas iniciarão o gerenciador de arquivos do ambiente de área de trabalho correspondente.
Baobab
Um programa do GNOME. Eu acho que o Baobab é instalado por padrão.
Filelight
Um programa do KDE.
k4dirstat
Outro analisador de espaço em disco do KDE. Ele é exibido como blocos em vez de círculos, o que pode ajudar a visualizar o uso de hierarquias de diretório profundas.