O comando que você executou atrapalhou os direitos de acesso dos arquivos. Infelizmente, não há maneira fácil de restaurar exatamente o estado anterior.
Remover o executável bit dos arquivos que você está tentando abrir se livrará da mensagem.
Warning : Este comando removerá o bit executável dos arquivos all nesse diretório e seus subdiretórios, para depois você ter que adicionar o bit novamente para os arquivos que estão deveria tê-lo.
find /home/user/Projects/myApp/ -type f -exec chmod -x {} +